Skrzynia biegów w Ninja ZX-10R została zaprojektowana do jazdy torowej. Większa zębatka tylna (zmiana z 39 na 41 zębów) i krótsze przełożenie pierwszego, drugiego i trzeciego biegu zapewniają wyższe przyśpieszenie w niskim i średnim zakresie obrotów dla szybszego wyjścia z zakrętu, a także lepszego startu podczas wyścigu.