Ninja ZX-6R jest wyposażona w potężne, bardzo sztywne, montowane radialnie zaciski hamulcowe typu Monoblock, które oferują wspaniałą kontrolę oraz pewne wyczucie dźwigni.
Pół-pływające przednie tarcze hamulcowe o zarysie falistym i średnicy ø310 mm, wykonanych z nierdzewnej stali zapewniają mocną siłę hamowania.
Pompa hamulcowa zapewnia doskonałe wyczucie i oferuje wspaniałą kontrolę.
Tylna tarcza hamulcowa o obrysie falistym i średnicy ø220 mm jest odpowiedzialna za hamowanie tylnego koła.
Lekki zacisk hamulcowy tylnego koła, przejęty z modelu ZX-10R zapewnia dobrą kontrolę.
Dźwignia tylnego hamulca jest montowana współosiowo z podnóżkiem, co sprzyja dobrym osiągom hamowania od połowy jej skoku oraz zapewnia doskonałe wyczucie dźwigni hamulca.
Najnowsze opony sportowe Bridgestone BATTLAX HYPERSPORT S22 przyczyniają się do lżejszego prowadzenia, zapewniając jednocześnie doskonałą przyczepność zarówno na suchym jak i mokrym asfalcie, co przekłada się na większą pewność siebie oraz przyjemność z jazdy.