System wtrysku KX250F posiada 2 wtryskiwacze: jeden w dół strumienia - „z prądem” zaworu przepustnicy (tam, gdzie wtryskiwacze są umieszczone na standardowych systemach FI), oraz drugi w górę strumienia – „pod prąd” - umieszczony przy airboxie.
W przeciwieństwie do podwójnego wtrysku z modeli supersport (gdzie wyżej położony wtryskiwacz jest aktywny tylko przez pewien okres czasu, dostarczając dodatkowego paliwa kiedy jest to potrzebne), dwa wtryskiwacze w systemie wtrysku paliwa KX250F mają inne funkcje. Wtryskiwacz działający „z prądem” jest używany do zapewniania gładkiej, natychmiastowej reakcji, podczas gdy funkcją działającego „pod prąd” jest dostarczanie mocy. W miarę wzrastania obrotów i pozycji przepustnicy, wtryskiwacz „z prądem” przekazuje działanie wtryskiwaczowi „pod prąd” (zależnie od tego czy na niskim, 1-szym lub 2-gim biegu, czy wysokim, 3-cim, 4-tym lub 5-tym, przełączenie odbywa się progresywnie lub natychmiastowo).